雍正年間有一窯工楊謙自笨港到縣城來應募工事，工作完成之後，求自笨港媽祖佑身的香火袋放置於工寮內未帶走而產生神蹟，肇成南瑤宮建廟之緣由，隨著南瑤宮媽祖香火的興旺，宗教活動亦熱絡起來，進香活動為主要型式，據《彰化縣志》記載：「歲往笨港進香，男女塞道，屢著靈驗。」 。 南瑤宮何時開始前往笨港進香的起源年代不詳，目前可朔至最早的記載為嘉慶19年（西元1814年）的〈南瑤宮老大媽會合約書〉，為了要前往南瑤宮香火起源地笨港進香，信徒們紛紛成立輿前會，亦即媽祖會，簡稱媽會，在媽祖進香活動中，擔任抬媽祖神轎的榮職，十個媽會陸續成立於嘉慶年間至日治初期，會員分佈於臺中盆地、彰化平原與南投部分地區，形成南瑤宮媽祖的信仰團。在各地多次的進香迎媽祖的活動中，都有媽祖顯靈庇佑的神蹟產生，並一再廣傳，因而有「彰化媽祖廕外方」之說。

日治初期，可能因為當時政經情勢不穩，南瑤宮往笨港進香活動一度中止，直至明治43年（西元1910年）才又重啟，依《臺灣日日新報》的資料顯示，日治時期共進行3次往笨港進香的活動，分別為明治43年（西元1910年）、大正6年（西元1917年）、昭和10年（西元1935年）。到了戰後時期，南瑤宮也並非每年進香，而是呈現不定期的進香頻率，這與進香活動實為媽會所主導而非廟方主掌有關，直到民國100年（西元2011年），配合中華民國建國100年的活動，才每年辦理進香活動。 民國104年（西元2015年）的進香是在南瑤宮金意承青年會舉辦「意齊尋歷史，承行古香路」活動之後，決議恢復徒步進香，除了從夜晚改為早上起駕以外，也將駐駕地點從地名改為廟宇名稱，融入廟宇交陪模式。並且，以通稱為「大媽四、二媽五、三媽六」的媽會分組，以3年為輪值舉辦方式持續至今。