新港原名「麻園寮」，於清乾隆年間為遍植麻園之地，但要說新港的原始全名應稱為「笨新南港」，其後略稱為「新南港」，爾後更加簡化為「新港」，日治時期因稱新港的地方太多，所以就把港的水字旁去除稱為「新巷庄」，直到二戰後又恢復原名「新港」，所以由新港的地名的演變來看，「新港」與「笨港」有著密不可分的關係，新港在歷史、文物、居民來源而言，是笨港的化身，是因為居民受天災人禍後，漳籍居民集體遷移的地點，可視為笨港的延長聚落。 
1621年船戶劉定國自湄洲天妃廟恭請媽祖祖聖像隨船護佑來臺，安全橫渡險惡的「黑水溝」（即台灣海峽），途經笨港，媽祖顯聖指示：永駐此地。從此笨港居民輪流奉祀，稱之為「船仔媽」。 

清康熙三十九年（1700年），笨港居民於笨港溪南方鳩資建廟，稱之為「天后宮」。乾隆年間，笨港溪水改道，將笨港街市一分為二，北方稱之為笨北港，南岸則稱笨南港。 據《諸羅縣志》記載，笨港在當時已經是台灣最繁榮的街市之一，而笨港天后宮則是台灣香火鼎盛的媽祖廟。直到嘉慶年間，笨港溪幾度氾濫成災，湮沒笨港街市，笨港天后宮岌岌不保，當時住持僧景端師父，護持廟中神像、文物遷移到地勢較高的「麻園寮」（即現今新港），而笨南港就在天災、人禍之下漸次沒落。 
 
當時自笨南港遷移而來的居民，多數是殷富世家，因此不僅帶來笨港財富、文物，更本著飲水思源的觀念，將麻園寮改稱為「笨新南港」，並擇定於「白鶴穴」上建廟，重立笨港人的精神中心——笨港媽祖廟。此地為當時何姓人家所有，何姓先人慨然捐地建廟，歷經十二年，於嘉慶十六年（1811年）新廟峻工落成，由當時水師提督將軍王得祿奏請皇帝，御賜宮名：奉天宮。從此，笨港媽祖的香火得以在新港地區綿延不絕，現今已成為台灣媽祖的信仰中心之一。 
 
一年當中，開臺媽祖正尊神像，都供奉在廟裡，而只有一些比較特殊的場合才會被迎請出來，如：正月十五元宵繞境，或四年一度的十八庄繞境活動時，神像坐於精美雕刻的神轎中遊行街面四村，以車巡或步行的方式繞行雲嘉兩縣66庄活動，當信仰圈中有村廟神明生日或謝平安時，會來奉天宮請媽祖到村廟中做客，此時都有其他的分身代替，神像大都奉祀於村廟中的正殿神房內的位置，表示其地為的崇高。還有就是新港街面上的四村的村民,家中有婚禮或新居落成時都會迎請媽祖至家中數日，神像供奉於臨時的神壇之上，並坐於中央的位置，表示由祂主持整個儀式。 
 
每當媽祖出巡繞境時，正月十五日當天，上午神轎已由各媽祖會的會員們扛進廟裡整飾，準備下午一點的繞境活動。這時新港街面四村的各廟宇和神壇，也都在準備和媽祖一起出巡繞境之事，對新港人來說一年一度的元宵繞境意義是很重大的，這樣的活動由古笨港時期流傳至今將近有四百多年的歷史。