地藏庵源於明末安徽九華山的信眾追隨鄭成功，護持九華山地藏王菩薩金身渡海來臺，當時未有固定供奉神像場所。清康熙中葉，信士擇定於現址供奉。1716年（康熙55年），由北路營守備游崇功募資正式建「邑厲壇」，供奉地藏王菩薩 。1717年（康熙56年），游崇功再擴建北側廟殿，增設佛堂奉祀地藏王菩薩，為今北嶽殿地藏王廟。1740年（乾隆5年），知縣李倓修建，擴大北側房舍，並應允提供當時內地居民客逝者之棺槥在此寄頓與舉行殯葬儀式，對安定生民發揮甚大功能。日治時期1895年（明治28年），合併邑厲壇與佛堂為「嘉邑九華山北嶽殿地藏王廟」。1938年（昭和13年），嘉義市尹 川添修平執行眾神歸天政策，僅留嘉義市境內城隍廟為道廟、聖神宮為儒廟、地藏庵為佛堂，全市各寺廟的佛像集中於地藏庵奉祀。1945年後，各街庄的地方人士紛紛前往三間廟宇將遭沒收的神像請回原供俸廟宇重啟香火，各廟宇紛紛創立爐主會辦理祭典。北嶽殿地藏庵於1946年10月設立總爐會。自1946年10月起設第一屆總爐主。1970年1月13日成立「九華山北嶽殿地藏庵管理委員會」。1992年1月14日成立財團法人。1978年起設安座爐主，及開光爐主、啟建爐主各1人。

1915年（大正4年）就已經有8月24日「龜醮」祭儀的紀載，祭儀作為寺廟每年的例行祭典，但錶此祭儀已經長時間持續舉辦。因此我們可以推測「龜醮」或許早在清領時期便已出現。 喜樹萬皇宮「龜醮」的傳說，描述喜樹庄某天牽罟意外捕捉到大海龜，在眾人的決議下遭到分食，使本已修煉成道的龜精憤怒不平，進而降災於喜樹庄，有分食的庄民家當晚遭受祝融，未參與分食的民家則安然無事。後來在神明們的協助下與龜精進行調解，指示每年農曆8月24日舉行醮典祭儀，製作仙舟添載日常用品，將其焚化迴向給龜靈公，以示庄民道歉之誠意。