隨移民來臺之初，保生大帝神尊原先奉祀於原淡水福佑宮（媽祖廟）茅屋內，時至乾隆四十七年（1782）福佑宮將建廟因此將保生大帝大爐迎至北投里水源地。

後於嘉慶元年（1796）由李臣春先生迎請至中田寮演戲埔奉祀，時至嘉慶七年（1802）方塑金身。由於香火鼎盛故自咸豐五年（1855）由忠寮聞人李媽諒倡議規劃下開始輪祀，原中田寮和水梘頭同屬一庄，後因燕樓李家人才輩出於清光緒 十一年乙酉科（1885）李貽電、李宗炳叔姪同榜武舉，光緒十七年辛卯科（1891）李宗聛中文舉，經擲筊聖示增加中田寮庄加入輪祀在每個庄里間九年一輪，160幾年來代代相傳，尤其是每年祝壽活動、過爐繞境、爐主厝的安爐大典皆為輪值庄里的重要慶典。並且在輪值年度每月在輪值庄里舉辦祭拜、犒軍、普施儀式。

因為神明的堅持，希望輪祀各個庄里，因此多次請杯聖示不願蓋廟，故這自清朝以來由保正及地方仕紳共同來推動庄里的祭祀慶典延續至今由里長、鄰長的協助值年爐主輪值且選任信眾為【頭家】共同維持各項活動的順利進行也讓這二百多年的傳統得以持續。

但正因為只有如此傳承也讓許多耆老、里長、仕紳憂心未來因為工商社會的快速運作，人口加速流動下若沒有一個系統性管理的單位來執行並將過去200多年的傳統加以記錄，這珍貴的文化資產將日漸式微。特於民國一百年（2011）選任新主委時推選深具宗教寺廟背景及社團行政經驗人脈廣闊的新北市議員蔡錦賢議員。為表慎重更於二位新舊主委交接時由新主委蔡錦賢先生透過聖杯聖示正名為「淡水三芝九庄輪祀保生大帝」以利對外宣揚本文化傳統的正式名稱。