金包里慈護宮相傳創建於清嘉慶十四（1809）年，最早由先賢黃士進捐獻廟地，地方士紳募款興築而成。金包里地區媽祖廟舊址位於現廟附近之停車場地區上，所供奉媽祖為現今慈護宮內所供奉之「大媽」。

後來，居民在野柳海邊的岩洞（今尊稱為「媽祖洞」）中發現一尊媽祖像，當地居民不忍媽祖像無處可歸，便決定將其移至廟中接受供奉，即選中位於野柳地區附近的金山地區蓋廟奉祀。慈護宮興建完成後，請原先金包里中的「大媽」入廟，再請從野柳來的「二媽」入廟，接受奉祀。

現廟的規模有二進，分別為前殿與正殿，兩殿之間用天井與廊道相連，格局精巧，建築特色經初步了解可知，大木匠師陳應彬一派在日治時期明治三十二年（1899年）時曾主持過慈護宮的整修工程，因而慈護宮的大木結構可看出帶有漳派的風格。

寺廟左右兩側過水廊連接前殿與後殿，正中央有天井，陽光可由天井反射入殿內，而四周無壁有柱的過水廊亦具備通風功能。 慈護宮的前殿、兩廊與正殿仍採用傳統木結構，前殿「架內」用「三通三瓜」，前步口用「看架斗栱」與「網目斗栱」正殿「架內」用「三通五瓜」，前厚「大方」棟架。這些皆以榫卯結合。 前簷步口以斗栱及枋材待搭接成網狀，該面如意斗栱分別以藍、綠、紅三色分層化暈為栱及圓斗表現，並出挑螭虎栱等，形成網目斗拱，斗上豎立渾圓有神的人物木雕，以「封神榜」等人物為取材。 正殿前步口的捲棚軒下可見到一對獅型斗座趴在步通之上，斗座上方的雕刻題材以花鳥與人物戲齣為主。