新竹內天后宮又稱為內媽祖廟，奉祀天上聖母，原建於清乾隆13年。乾隆年間興建的長和宮、城隍廟、西門內天后宮，在當時不僅是信仰的重心，更是人群聚集之處，市集交易興盛之地。但日據時期的中日戰爭爆發後，日本實施皇民化運動，遭到拆除命運，民國35年於現址將日本和尚廟重建為今風貌。

內天后宮在日據時期遭拆除，神祇安置於外天后宮，昔日內天后宮之原址即被人據為攤販，後更建成住家，舊跡不存。另外還有一種說法是，日據末年，盟軍炸毀位於中央里之內天后宮，神像由香山客家人保管，民國35年由香山客家人改建至現址。

廟宇因建竹塹城西門內，故稱內天后宮，有別於北門城牆外的「外天后宮」，是為新竹市內香火鼎盛的廟宇之一。