淡水是早期中國泉州移民的新故鄉，因此泉州人崇拜的鄉土神祇「清水祖師」便成為淡水泉民的重要信仰神祇，早在清咸豐年間淡水街居民即已輪值供奉，後於昭和十三年（1938） 在原「蕭府王爺」廟址創建「淡水清水巖祖師廟」，其著名的「落鼻祖師」則與「清水巖祖師廟」輪值供奉。

而清代後期，地方居民曾為了驅除瘟疫而迎請清水祖師遶境，民間並傳說清水祖師曾在遶境途中「落鼻示警」，使民眾前來觀看脫落鼻子的神像而避開災禍。

到了日治初期，清水祖師遶境逐漸形成每年舉辦的例行活動。早期的清水祖師遶境只在有瘟疫發生時舉辦，日期並未固定，也以民間認為陰煞出沒的夜間為主。到了明治四十三年（1910）之後，清水祖師的遶境才成為每年固定在農曆5月6日舉辨的活動。除了因疾病容易在炎熱夏季發生流行以外，也據說是因為民眾提議可利用端午節的應景食品作為祭典供品以節省開支，而選擇在端午隔天舉行。 淡水清水祖師遶境在二十世紀初舉辦時，就有地方保正與企業紳商的參與支持，到了大正十二年（1923），更出現由各商會贊助製作獎旗與金牌的陣頭比賽，使廟會表演因各團體的競爭而更加多元精彩，主辦單位並邀請地方官員與警察擔任比賽評審，以拉近與官方的關係。透過主辦單位的宣傳以及《臺灣日日新報》長期對於廟會的相關報導，遶境儀式年年更加盛大，一直到日治末期皇民化運動期間也未被官方禁止。 隨著遶境儀式的興盛，清水祖師信徒在日治中期以後也日益增加。到了當代，甚至淡水地區以外的北部廟宇也都會派陣頭參加遶境，每年農曆5月5日、6日清水祖師遶境期間仍是淡水最熱鬧的日子，一方面是地方居民祈求平安、延續清水祖師信仰的宗教活動，另一方面也成為展現地方特色、外來遊客共同參與的盛會。