學甲慈濟宮主神保生大帝，係於明末由福建泉州府移民迎請，隨鄭成功部隊來台，而由學甲頭前寮將軍溪畔登岸。上白礁祭典根據考證，始於清領時期，學甲地區鄉民經常返回原鄉福建泉州白礁慈濟宮謁祖，由於保生大帝誕辰為農曆3月15日，故必須提前數日渡海，方能趕上神誕，所以乃訂為每年農曆3月11日。日治時期後由於台灣、中國民間往來受限，來往關卡不便，遂逐漸改於當年登陸之處舉行隔海謁祖祭典。上白礁祭典原非年年固定舉行，20世紀後半，才逐漸改為每年舉辦。 上白礁祭典原屬學甲地區的區級祭典，參與廟宇以學甲慈濟宮的交陪廟、分靈廟、學甲13庄的庄廟為主。1977年左右，台灣興起尋根熱潮，上白礁祭典乃受官方支持，標舉其「飲水思源」的精神，而逐步擴大祭典層次，1980年開始，升格為縣級祭典，祭典主任委員為台南縣縣長；1981年適逢中華民國建國70週年，配合舉辦藝陣比賽與藝文展覽，由當時台灣省政府主席林洋港主祭；1984年由出身學甲的台南幫大老、前台北市長吳三連擔任主任委員；1989年起，名義上又改由行政院內政部部長擔任主任委員，然而歷年來實際主祭者仍由台南縣縣長擔任。 1990年以後，學甲慈濟宮多聘台南縣縣長或其代表人主祭，如縣政府無人前來，則由學甲慈濟宮主任委員擔任主祭者；其餘繞境行程與動線，皆依舊俗進行。