安平是臺灣古老的城鎮之一，在荷西時期之前已被稱為「大員」。1661年（明永曆十五年），鄭成功入主臺灣後，才改名為安平至今。而隨著歷史環境的演變，至今安平聚落分成十社，位於港仔尾社的靈濟殿歷史最早可以溯自1718年（清康熙五十七年），前身為仙史宮，主祀伍府恩主公，後迎入安平慈濟宮保生大帝、囝仔宮社北極殿玄天上帝、安平水仙宮水仙尊王等神。

中元祭典設置孤棚來進行普度之俗，在清代的臺灣各地時常可見。時過境遷，目前臺灣中元普度祭典可見孤棚的僅見頭城、恆春及安平。而頭城、恆春二地都以「搶孤」而著名。而安平孤棚祭與頭城、恆春二地最大的差異便是無搶孤、爬孤棚之習俗。 孤棚祭的起源主流說法為1852年（清咸豐二年）安平舊運河渡船碼頭工頭陳柱，在一次因搬運利益而發生的鬥毆事件中，發生打死人的意外事件，陳柱受到牽連，恐被官府處死。港仔尾當地居民為了解救陳柱，聚集於靈濟殿廟前共同商討，並向靈濟殿眾神與老大公祈願，若能平安無事，必酬神謝恩。後陳柱竟判無罪釋放，此後港仔尾當地居民每年農曆7月9日搭孤棚祭祀老大公兼普度，逐漸演變成今日安平靈濟殿特有的「孤棚祭」習俗。