學甲慈濟宮主神保生大帝，係於明末由福建泉州府移民迎請，隨鄭成功部隊來台，而由學甲頭前寮將軍溪畔登岸。上白礁祭典根據考證，始於清領時期，學甲地區鄉民經常返回原鄉福建泉州白礁慈濟宮謁祖，由於保生大帝誕辰為農曆3月15日，故必須提前數日渡海，方能趕上神誕，所以乃訂為每年農曆3月11日。日治時期後由於台灣、中國民間往來受限，來往關卡不便，遂逐漸改於當年登陸之處舉行隔海謁祖祭典。上白礁祭典原非年年固定舉行，20世紀後半，才逐漸改為每年舉辦。 上白礁祭典原屬學甲地區的區級祭典，參與廟宇以學甲慈濟宮的交陪廟、分靈廟、學甲13庄的庄廟為主。1977年左右，台灣興起尋根熱潮，上白礁祭典乃受官方支持，標舉其「飲水思源」的精神，而逐步擴大祭典層次，1980年開始，升格為縣級祭典，祭典主任委員為台南縣縣長；1981年適逢中華民國建國70週年，配合舉辦藝陣比賽與藝文展覽，由當時台灣省政府主席林洋港主祭；1984年由出身學甲的台南幫大老、前台北市長吳三連擔任主任委員；1989年起，名義上又改由行政院內政部部長擔任主任委員，然而歷年來實際主祭者仍由台南縣縣長擔任。 1990年以後，學甲慈濟宮多聘台南縣縣長或其代表人主祭，如縣政府無人前來，則由學甲慈濟宮主任委員擔任主祭者；其餘繞境行程與動線，皆依舊俗進行。

基本上，「學甲香」是由「上白礁」繁衍而來，早期的「上白礁」僅係其轄域的一種神明祭慶，大抵在1981年前後，始變成今天這種全台聞名的盛大廟會。 一般說來，「上白礁」祭典遶境時，每年的「香路」頗為固定，基本上是1天的行程，全體藝陣和神轎，在宮內祭典結束後，由慈濟宮出發，經後社、光華、中洲而於下午5點左右到達頭前寮（將軍溪畔），在此舉行上白礁謁祖祭典；結束後，再依序經中洲、彭城、後社而返廟，整個活動大致在當夜10點左右可完成。 然而，這種「學甲－頭前寮－學甲」1天香路的遶境模式，受到「神祐人霑」利益的，僅係學甲、中洲兩大庄而已，其餘的11庄，都只盡義務而未享權利，也就是說同樣出轎出陣，僅遶別庄，祈別庄之安，卻不能遶己庄，求己庄之安，因此為求和諧與向心力，慈濟宮遂有遶巡13庄的3天「刈香」產生，此即一般所謂的「學甲刈香」。