「萬泉寺」又名上帝廟。清乾隆39年(1774)，由李振利等負責募建完竣，並且由飄洋過海到萬丹賣藥的三山人(福州府)林啟燦，寄付商店一坎(間)，南靖人李水淑寄付商店二坎，作為廟產，其租借營利稅收，供給廟寺僧侶禮佛費用。可見當時廟宇是由和尚主持。至清嘉慶22年(1817)，鄉民建議重修「上帝廟」，萬丹就有很多商號參與斥資興修，清道光2年(1822)修竣完成。根據＜萬丹鄉采風錄＞中解釋，「上帝廟」因為也奉祀觀世音菩薩，所以就由「廟」改為「寺」，再加上該廟坐落萬丹區(保長厝)，朝向水泉村，因以改稱為「萬泉寺」。

「萬泉寺」於嘉慶至道光年間由李增選捐修，同時萬丹地區另一座寺廟「萬惠宮」也是由他負責修建。因此萬泉寺的石鼓、萬惠宮的石獅，與兩廟的石柱、石樑，都是同時由唐山飄洋過海而來的花崗岩。根據文復會考證萬泉寺的石鼓、石材，全省僅二對，另一對在澎湖。

清同治8年(1869)，萬泉寺再由李吉利等重修，清光緒年間，遭致兵災，寺廟傾塌，至清光緒11年(1885)王恒順重新修建，方使香火不輟，當時萬泉寺擁有土地廟產約二百多甲，遠至東港大潭新庄、萬巒赤山萬金、內埔、竹田一帶都有萬泉寺的廟產，當然，萬丹地區就更不用說了，可見其當時萬泉寺之名聲遠播。

清光緒21年(1895)，日本治台推行地籍整理，那時萬泉寺的土地，被人私自插幟竊佔約十之八、九，連赤山萬金近百甲土地，也在日人測量工作的移花接木下，登記李仲義名下。等至日大正14年(1925)間廟產才歸李朝慶居士接管，當時只剩土地三甲九分而已。光復初期的萬泉寺，因兵燹倒塌而成荒廟(根據當地多位耆老的口述，於日昭和19年(1944)間，萬泉寺之建築皆倒塌只剩下一面龍邊前殿之山牆壁體，曾因倒塌年代荒廢過久，還長出一棵榕樹)，連當時祀奉之玄天上帝的神像，亦流落民宅。到了民國44年萬丹鄉代表會，要將萬泉寺的廟產公金一半，移作興建萬丹初中禮堂之用，其餘充當興築萬泉寺紀念館及小公園。後經邱萬對先生，聯合萬丹地區三十庄頭村長，反對廟產移作他用，並經中國佛教會理事長釋圓融的協助，向省政府民政廳申請寺廟登記，經核准為全省第一件通過的寺廟管理組織。並請屏東縣政府，歸還建廟基金。此外邱萬對先生日大正5年(1916)還四處向人「題緣金」(請求捐獻)，萬泉寺才有資金於民國45年重建後殿，並於民國49年完成前殿，萬泉寺民國92年成立管理委員會。