五穀宮之興建，主要源自大正8年(1919)流行病猖獗，各地為壓制流行病毒，遂盛行奉祀三恩祖。當時，原居苗栗大湖後移墾至南隆農場六寮的羅阿東先生，亦自大正9年(1920)庚申年2月起於家中奉祀紙繪的三恩祖像。
大正12年(1923)6月24日先以羅阿東先生正堂，開光登位，後推羅阿東先生為堂主，羅正保先生為司香，每逢初一、十五各聚落信徒即至該所參香禮拜。
二次世界大戰期間，台灣總督府發起皇民化運動，並企圖消滅台灣人的宗教信仰，下令燒卻民眾信仰的各種神像，摧毀庵堂、土地伯公。二次世界大戰戰況劇烈期間，打狗醫院（今高雄市立民生醫院）疏散到五榖宮治療病傷人員，至1945年二戰後才遷回高雄。
現雖經過歷次整修，但仍保有部分古意盎然的建築形式，以及民國5、60年代以來特有的裝潢趣味。
因三五公司的拓墾，使得五穀宮在拓墾上成為北客南遷很重要的典範，也在台灣拓墾的歷史佔據重要的地位。
本廟創建年代為大正13年(1924)，目前仍留存不少日治時期與戰後初期的寺廟構造，見證了當時代的建築工藝風格。
北客遷移大部份信奉義民廟，惟獨在南隆五穀宮雖然也帶了義民廟，但並不是當地最重要信奉之主神，當時因瘴癘之氣，百姓為求平安，因而供奉神農大帝，並有聚落的形成，為拓墾「在地化」之顯例。
